在摧毁内伊巢穴的战斗中，宫藤芳佳失去了他的魔法。501部队解散后，她回到家乡扶桑，过着长期稳定的生活。然而，在担任上官的坂本的安排下，她决定去欧洲的一所医学院学习。海军军官学校和坂本的学生服部哲·石坂再次去了欧洲的宫城。另一方面，前501部队的成员也分散在全国各地，过着自己的生活。然而，他们以宫城回到欧洲和新神经系统的出现为契机，开始再次聚首。这时，在宫城和石坂去欧洲之前，有一个强大的内鲁罗，宫城正处于有史以来最大的危机之中。